某些多基因病具有高度的遗传度，即某个基因突变导致患病风险明显增加。

PGD也可以用于阻断家族中遗传易感基因的传递。
对于一些性连锁遗传性疾病，如假肥大型肌营养不良、甲型血友病等一般只在男孩中发病，女孩不发病。

虽然这类疾病致病基因明确，可以通过单基因PGD程序预防患儿的出生。

但是对于部分家系基因诊断不明，或者技术条件不允许的情况下，可以单纯行性别选择生育女孩，避免疾病的发生。

此外，对于男性Y染色体微缺失患者（AZFc缺失）也可以通过性别选择生育女孩，而阻断缺陷基因传递给自己的儿子。

在高龄女性、反复自然**、反复种植失败、严重男性不育患者中发生率更高，所以通过检测胚胎染色体非整倍体性，选择整倍体胚胎移植，理论上可以提高试管婴儿的移植成功率，这也被称为胚胎植入前遗传学筛查（PGS）。
对于遗传病因诊断不明的先天缺陷，目前还没有办法通过试管婴儿技术降低遗传再发风险。

在选择PGD之前需要进行充分的生育遗传咨询，权衡利弊，选择一种最适合的生育方式。